菌は100~1000分の1ミリくらいの大きさなのでなかなか顕微鏡など直接数を数えるのは大変かと思います。
よくやられるのが、寒天を使う方法です。まず、プラスチックについた菌を寒天の上に移します。何日かほおっておくと(できれば37℃とかがいいですね)菌がどんどん増えていきます。ある程度増えると、白い円形になり目で見てもわかる大きさになります。その大きさを物差しで測ることで、もともとの菌の多さ(少なさ)を比べることができます。
つまり円が大きい方が最初に着いた菌も多いということです。
インターネットなどで「寒天培地」と調べるとたくさん情報が出てくると思います。